Molecular evaluation of genetic variability in tomato (Lycopersicon esculentum mill.) genotypes by microsatellite markers
Molekularna evaluacija genetičke varijabilnosti paradajza (Lycopersicon esculentum mill.) mikrosatelitskim markerima
2013
Аутори
Glogovac, SvetlanaTakač, Adam
Brbaklić, Ljiljana
Trkulja, Dragana
Červenski, Janko
Gvozdanović-Varga, Jelica
Popović, Vukašin
Чланак у часопису (Објављена верзија)
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
The objective of this research was to assess genetic diversity using eight microsatellite markers in 30 tomato genotypes from the collection of the Institute of Field and Vegetable Crops in Novi Sad. The SSR markers were selected from publicly available data and Solanaceae Genome Network database. Genotypes were grouped into three clusters, using Ward's hierarchical clustering method and Euclidean distance measure. Markers SSR248, TMS9, TMS42 and SSR111 had very high PIC (Polymorphism information content) values and can be recommended for the future studies.
Paradajz (Lycopersicon esculentum Mill.) je jedna od povrtarskih vrsta najviše izučavanih na polju oplemenjivanja, genetike i genomike i jedna od 3000 iz familije Solanaceae (pomoćnice). Veličina genoma paradajza iznosi 950 Mbp, a sadrži 77% heterohromatina i 23% euhromatina (Peterson, Price, Johnston i Stack 1996). Iako je diverzitet njegovih prirodnih staništa veoma velik, znatan deo genetičke varijabilnosti paradajza je izgubljen u procesu domestifikacije i intenzivne veštačke selekcije. Cilj ovog istraživanja je procena genetičkog diverziteta 30 genotipova paradajza iz kolekcije Instituta za ratarstvo i povrtarstvo u Novom Sadu korišćenjem 8 mikrosatelitskih markera. SSR markeri su izabrani na osnovu objavljene naučne literature i Solanaceae Genome Network baze podataka. Markeri SSR 248, TMS 9, TMS 42 i SSR 111, kod kojih je utvrđena visoka PIC vrednost, mogu se preporučiti za buduća istraživanja.
Кључне речи:
genetic variability / genetics / Lycopersicon esculentum / microsatellites / SSR markers / tomatoes / genetička varijabilnost / genetika / Lycopersicon esculentum / mikrosateliti / paradajz / SSR markeriИзвор:
Ratarstvo i povrtarstvo / Field and Vegetable Crops Research, 2013, 50, 3, 1-5Издавач:
- Institut za ratarstvo i povrtarstvo, Novi Sad
Финансирање / пројекти:
- Стварање сората и хибрида поврћа за гајење на отвореном пољу и у заштићеном простору (RS-MESTD-Technological Development (TD or TR)-31030)
Колекције
Институција/група
FiVeRTY - JOUR AU - Glogovac, Svetlana AU - Takač, Adam AU - Brbaklić, Ljiljana AU - Trkulja, Dragana AU - Červenski, Janko AU - Gvozdanović-Varga, Jelica AU - Popović, Vukašin PY - 2013 UR - http://fiver.ifvcns.rs/handle/123456789/1202 AB - The objective of this research was to assess genetic diversity using eight microsatellite markers in 30 tomato genotypes from the collection of the Institute of Field and Vegetable Crops in Novi Sad. The SSR markers were selected from publicly available data and Solanaceae Genome Network database. Genotypes were grouped into three clusters, using Ward's hierarchical clustering method and Euclidean distance measure. Markers SSR248, TMS9, TMS42 and SSR111 had very high PIC (Polymorphism information content) values and can be recommended for the future studies. AB - Paradajz (Lycopersicon esculentum Mill.) je jedna od povrtarskih vrsta najviše izučavanih na polju oplemenjivanja, genetike i genomike i jedna od 3000 iz familije Solanaceae (pomoćnice). Veličina genoma paradajza iznosi 950 Mbp, a sadrži 77% heterohromatina i 23% euhromatina (Peterson, Price, Johnston i Stack 1996). Iako je diverzitet njegovih prirodnih staništa veoma velik, znatan deo genetičke varijabilnosti paradajza je izgubljen u procesu domestifikacije i intenzivne veštačke selekcije. Cilj ovog istraživanja je procena genetičkog diverziteta 30 genotipova paradajza iz kolekcije Instituta za ratarstvo i povrtarstvo u Novom Sadu korišćenjem 8 mikrosatelitskih markera. SSR markeri su izabrani na osnovu objavljene naučne literature i Solanaceae Genome Network baze podataka. Markeri SSR 248, TMS 9, TMS 42 i SSR 111, kod kojih je utvrđena visoka PIC vrednost, mogu se preporučiti za buduća istraživanja. PB - Institut za ratarstvo i povrtarstvo, Novi Sad T2 - Ratarstvo i povrtarstvo / Field and Vegetable Crops Research T1 - Molecular evaluation of genetic variability in tomato (Lycopersicon esculentum mill.) genotypes by microsatellite markers T1 - Molekularna evaluacija genetičke varijabilnosti paradajza (Lycopersicon esculentum mill.) mikrosatelitskim markerima EP - 5 IS - 3 SP - 1 VL - 50 DO - 10.5937/ratpov50-4344 ER -
@article{ author = "Glogovac, Svetlana and Takač, Adam and Brbaklić, Ljiljana and Trkulja, Dragana and Červenski, Janko and Gvozdanović-Varga, Jelica and Popović, Vukašin", year = "2013", abstract = "The objective of this research was to assess genetic diversity using eight microsatellite markers in 30 tomato genotypes from the collection of the Institute of Field and Vegetable Crops in Novi Sad. The SSR markers were selected from publicly available data and Solanaceae Genome Network database. Genotypes were grouped into three clusters, using Ward's hierarchical clustering method and Euclidean distance measure. Markers SSR248, TMS9, TMS42 and SSR111 had very high PIC (Polymorphism information content) values and can be recommended for the future studies., Paradajz (Lycopersicon esculentum Mill.) je jedna od povrtarskih vrsta najviše izučavanih na polju oplemenjivanja, genetike i genomike i jedna od 3000 iz familije Solanaceae (pomoćnice). Veličina genoma paradajza iznosi 950 Mbp, a sadrži 77% heterohromatina i 23% euhromatina (Peterson, Price, Johnston i Stack 1996). Iako je diverzitet njegovih prirodnih staništa veoma velik, znatan deo genetičke varijabilnosti paradajza je izgubljen u procesu domestifikacije i intenzivne veštačke selekcije. Cilj ovog istraživanja je procena genetičkog diverziteta 30 genotipova paradajza iz kolekcije Instituta za ratarstvo i povrtarstvo u Novom Sadu korišćenjem 8 mikrosatelitskih markera. SSR markeri su izabrani na osnovu objavljene naučne literature i Solanaceae Genome Network baze podataka. Markeri SSR 248, TMS 9, TMS 42 i SSR 111, kod kojih je utvrđena visoka PIC vrednost, mogu se preporučiti za buduća istraživanja.", publisher = "Institut za ratarstvo i povrtarstvo, Novi Sad", journal = "Ratarstvo i povrtarstvo / Field and Vegetable Crops Research", title = "Molecular evaluation of genetic variability in tomato (Lycopersicon esculentum mill.) genotypes by microsatellite markers, Molekularna evaluacija genetičke varijabilnosti paradajza (Lycopersicon esculentum mill.) mikrosatelitskim markerima", pages = "5-1", number = "3", volume = "50", doi = "10.5937/ratpov50-4344" }
Glogovac, S., Takač, A., Brbaklić, L., Trkulja, D., Červenski, J., Gvozdanović-Varga, J.,& Popović, V.. (2013). Molecular evaluation of genetic variability in tomato (Lycopersicon esculentum mill.) genotypes by microsatellite markers. in Ratarstvo i povrtarstvo / Field and Vegetable Crops Research Institut za ratarstvo i povrtarstvo, Novi Sad., 50(3), 1-5. https://doi.org/10.5937/ratpov50-4344
Glogovac S, Takač A, Brbaklić L, Trkulja D, Červenski J, Gvozdanović-Varga J, Popović V. Molecular evaluation of genetic variability in tomato (Lycopersicon esculentum mill.) genotypes by microsatellite markers. in Ratarstvo i povrtarstvo / Field and Vegetable Crops Research. 2013;50(3):1-5. doi:10.5937/ratpov50-4344 .
Glogovac, Svetlana, Takač, Adam, Brbaklić, Ljiljana, Trkulja, Dragana, Červenski, Janko, Gvozdanović-Varga, Jelica, Popović, Vukašin, "Molecular evaluation of genetic variability in tomato (Lycopersicon esculentum mill.) genotypes by microsatellite markers" in Ratarstvo i povrtarstvo / Field and Vegetable Crops Research, 50, no. 3 (2013):1-5, https://doi.org/10.5937/ratpov50-4344 . .