Identifikacija bakterija stimulatora biljnog rasta iz rodova Bradyrhizobium i Bacillus
Identification of plant growth-promoting bacteria from genus Bradyrhizobium and Bacillus
2018
Аутори
Marinković, JelenaBjelić, Dragana
Mikić, Sanja
Balešević-Tubić, Svetlana
Ignjatov, Maja
Nikolić, Zorica
Конференцијски прилог (Објављена верзија)
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
Uprkos variranju osobina stumilsanja rasta biljaka (PGP) kod razliĉitih vrsta,
većina bakterijskih sojeva koji ispoljavaju višestruka PGP svojstva moţe biti
korisna u formulaciji novih inokulanata. Istraţivanje efektivnih sojeva, pre
PGP karakterizacije, zahteva izolaciju i identifikaciju odgovarujućih vrsta
bakterija koje stimulišu biljni rast (PGPB). Cilj ovih istraţivanja bio je
izolacija i molekularna identifikacija PGPB. Bakterije iz roda Bradyrhizobium
izolovane su iz korenskih kvrţica razliĉitih sorti soje. Bakterije koje
pripadaju rodu Bacillus izolovane su iz rizosfernog, poljoprivrednog i
nepoljoprivrednog zemljišta. Svi uzorci za izolaciju PGPB prikupljeni su s
razliĉitih lokaliteta u Vojvodini. Karakterizacija izolata izvršena je na osnovu
morfoloških i biohemijskih svojstava. Izolati koji su pokazali sliĉnost sa
vrstama Bradyrhizobium sp. and Bacillus sp. bili su predmet molekularne
karakterizacije. Nakon ekstrakcije DNK, parcijalna 16S rDNA genska
sekvenca iz... izolata je umnoţena PCR metodom upotrebom univerzalnih
prajmera fD1 i rP3. Preĉišćavanje i sekvencioniranje umnoţenih
fragmenata uraĊeno je u Macrogen, Juţna Koreja. Sekvence su analizirane
pomoću programa FinchTV i izvršeno je višestruko poreĊenje dobijenih
sekvenci sa postojećim sekvencama u NCBI GenBank bazi podataka. Svi
izolati Bradyrhizobium identifikovani su kao B. japonicum. U okviru Bacillus
izolata, identifikovano je devet razliĉitih vrsta (B. megaterium, B. cereus, B.
pumilus, B. subtilis, B. thuringiensis, B. safensis, B. mycoides, Lysinibacillus
fusiformis, and L. sphaericus). Nastavak karakterizacije ovih izolata preko
PGP skrininga neophodan je za odabir potencijanlo efektivnih sojeva za
inokulaciju u kontrolisanim i poljskim uslovima.
Despite the variability within the plant growth promoting properties
(PGP) in different species, most of bacterial strains that exhibit
multiple PGP traits might be useful in formulating new inoculants.
Search for effective strains, prior to PGP characterization, require
isolation and identification of desirable species of plant growthpromoting bacteria (PGPB). The aim of this study was to isolate and
identify PGPB on the basis of molecular characteristics. Bacteria of
Bradyrhizobium genus were obtained from root nodules of different
soybean cultivars. Bacteria belonging to genus Bacillus were
isolated from different soil samples which included the rhizosphere of
plants, agricultural and non-agricultural soils. All samples for PGPB
isolation were collected from various parts of the Vojvodina Province.
Characterization of isolates was performed according to
morphological and biochemical properties. Isolates showing
resemblance with Bradyrhizobium sp. and Bacillus sp. were
...subjected to molecular characterization. Following DNA extraction, a
partial 16S rDNA gene sequence from the isolates was amplified by
PCR using universal primers fD1 and rP3. Purification and
sequencing of the amplified fragments were done in the Macrogen,
South Korea. Sequences were analyzed using the program FinchTV
and compared to sequences in NCBI GenBank for identification. All
isolates of Bradyrhizobium were identified as B. japonicum. Within
Bacillus isolates, nine different species (B. megaterium, B. cereus, B.
pumilus, B. subtilis, B. thuringiensis, B. safensis, B. mycoides,
Lysinibacillus fusiformis, and L. sphaericus) were identified. Further
characterization of these isolates through PGP screening will be
necessary to select potentially effective strains for inoculation assays
in greenhouse and field.
Кључне речи:
Bacillus / Bradyrhizobium / PCR identification / PGPBИзвор:
Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum društva selekcionera i semenara Republike Srbije, Vrnjačka Banja, 7-11. maj 2018., 2018, 161-162Издавач:
- Beograd: Društvo genetičara Srbije
- Beograd : Društvo selekcionera i semenara Republike Srbije
Финансирање / пројекти:
- Интердисциплинарни приступ стварању нових сорти соје и унапређењу технологије гајења и дораде семена (RS-MESTD-Technological Development (TD or TR)-31022)
- APV 114-451-2739/2016-01: Održiva proizvodnja biljnih proteina: soja, mikroorganizmi, odgovor na klimatske promene, financed by the Provincial Secretariat for Higher Education and Scientific Research, AP Vojvodina
Колекције
Институција/група
FiVeRTY - CONF AU - Marinković, Jelena AU - Bjelić, Dragana AU - Mikić, Sanja AU - Balešević-Tubić, Svetlana AU - Ignjatov, Maja AU - Nikolić, Zorica PY - 2018 UR - http://fiver.ifvcns.rs/handle/123456789/2531 AB - Uprkos variranju osobina stumilsanja rasta biljaka (PGP) kod razliĉitih vrsta, većina bakterijskih sojeva koji ispoljavaju višestruka PGP svojstva moţe biti korisna u formulaciji novih inokulanata. Istraţivanje efektivnih sojeva, pre PGP karakterizacije, zahteva izolaciju i identifikaciju odgovarujućih vrsta bakterija koje stimulišu biljni rast (PGPB). Cilj ovih istraţivanja bio je izolacija i molekularna identifikacija PGPB. Bakterije iz roda Bradyrhizobium izolovane su iz korenskih kvrţica razliĉitih sorti soje. Bakterije koje pripadaju rodu Bacillus izolovane su iz rizosfernog, poljoprivrednog i nepoljoprivrednog zemljišta. Svi uzorci za izolaciju PGPB prikupljeni su s razliĉitih lokaliteta u Vojvodini. Karakterizacija izolata izvršena je na osnovu morfoloških i biohemijskih svojstava. Izolati koji su pokazali sliĉnost sa vrstama Bradyrhizobium sp. and Bacillus sp. bili su predmet molekularne karakterizacije. Nakon ekstrakcije DNK, parcijalna 16S rDNA genska sekvenca iz izolata je umnoţena PCR metodom upotrebom univerzalnih prajmera fD1 i rP3. Preĉišćavanje i sekvencioniranje umnoţenih fragmenata uraĊeno je u Macrogen, Juţna Koreja. Sekvence su analizirane pomoću programa FinchTV i izvršeno je višestruko poreĊenje dobijenih sekvenci sa postojećim sekvencama u NCBI GenBank bazi podataka. Svi izolati Bradyrhizobium identifikovani su kao B. japonicum. U okviru Bacillus izolata, identifikovano je devet razliĉitih vrsta (B. megaterium, B. cereus, B. pumilus, B. subtilis, B. thuringiensis, B. safensis, B. mycoides, Lysinibacillus fusiformis, and L. sphaericus). Nastavak karakterizacije ovih izolata preko PGP skrininga neophodan je za odabir potencijanlo efektivnih sojeva za inokulaciju u kontrolisanim i poljskim uslovima. AB - Despite the variability within the plant growth promoting properties (PGP) in different species, most of bacterial strains that exhibit multiple PGP traits might be useful in formulating new inoculants. Search for effective strains, prior to PGP characterization, require isolation and identification of desirable species of plant growthpromoting bacteria (PGPB). The aim of this study was to isolate and identify PGPB on the basis of molecular characteristics. Bacteria of Bradyrhizobium genus were obtained from root nodules of different soybean cultivars. Bacteria belonging to genus Bacillus were isolated from different soil samples which included the rhizosphere of plants, agricultural and non-agricultural soils. All samples for PGPB isolation were collected from various parts of the Vojvodina Province. Characterization of isolates was performed according to morphological and biochemical properties. Isolates showing resemblance with Bradyrhizobium sp. and Bacillus sp. were subjected to molecular characterization. Following DNA extraction, a partial 16S rDNA gene sequence from the isolates was amplified by PCR using universal primers fD1 and rP3. Purification and sequencing of the amplified fragments were done in the Macrogen, South Korea. Sequences were analyzed using the program FinchTV and compared to sequences in NCBI GenBank for identification. All isolates of Bradyrhizobium were identified as B. japonicum. Within Bacillus isolates, nine different species (B. megaterium, B. cereus, B. pumilus, B. subtilis, B. thuringiensis, B. safensis, B. mycoides, Lysinibacillus fusiformis, and L. sphaericus) were identified. Further characterization of these isolates through PGP screening will be necessary to select potentially effective strains for inoculation assays in greenhouse and field. PB - Beograd: Društvo genetičara Srbije PB - Beograd : Društvo selekcionera i semenara Republike Srbije C3 - Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum društva selekcionera i semenara Republike Srbije, Vrnjačka Banja, 7-11. maj 2018. T1 - Identifikacija bakterija stimulatora biljnog rasta iz rodova Bradyrhizobium i Bacillus T1 - Identification of plant growth-promoting bacteria from genus Bradyrhizobium and Bacillus EP - 162 SP - 161 UR - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_fiver_2531 ER -
@conference{ author = "Marinković, Jelena and Bjelić, Dragana and Mikić, Sanja and Balešević-Tubić, Svetlana and Ignjatov, Maja and Nikolić, Zorica", year = "2018", abstract = "Uprkos variranju osobina stumilsanja rasta biljaka (PGP) kod razliĉitih vrsta, većina bakterijskih sojeva koji ispoljavaju višestruka PGP svojstva moţe biti korisna u formulaciji novih inokulanata. Istraţivanje efektivnih sojeva, pre PGP karakterizacije, zahteva izolaciju i identifikaciju odgovarujućih vrsta bakterija koje stimulišu biljni rast (PGPB). Cilj ovih istraţivanja bio je izolacija i molekularna identifikacija PGPB. Bakterije iz roda Bradyrhizobium izolovane su iz korenskih kvrţica razliĉitih sorti soje. Bakterije koje pripadaju rodu Bacillus izolovane su iz rizosfernog, poljoprivrednog i nepoljoprivrednog zemljišta. Svi uzorci za izolaciju PGPB prikupljeni su s razliĉitih lokaliteta u Vojvodini. Karakterizacija izolata izvršena je na osnovu morfoloških i biohemijskih svojstava. Izolati koji su pokazali sliĉnost sa vrstama Bradyrhizobium sp. and Bacillus sp. bili su predmet molekularne karakterizacije. Nakon ekstrakcije DNK, parcijalna 16S rDNA genska sekvenca iz izolata je umnoţena PCR metodom upotrebom univerzalnih prajmera fD1 i rP3. Preĉišćavanje i sekvencioniranje umnoţenih fragmenata uraĊeno je u Macrogen, Juţna Koreja. Sekvence su analizirane pomoću programa FinchTV i izvršeno je višestruko poreĊenje dobijenih sekvenci sa postojećim sekvencama u NCBI GenBank bazi podataka. Svi izolati Bradyrhizobium identifikovani su kao B. japonicum. U okviru Bacillus izolata, identifikovano je devet razliĉitih vrsta (B. megaterium, B. cereus, B. pumilus, B. subtilis, B. thuringiensis, B. safensis, B. mycoides, Lysinibacillus fusiformis, and L. sphaericus). Nastavak karakterizacije ovih izolata preko PGP skrininga neophodan je za odabir potencijanlo efektivnih sojeva za inokulaciju u kontrolisanim i poljskim uslovima., Despite the variability within the plant growth promoting properties (PGP) in different species, most of bacterial strains that exhibit multiple PGP traits might be useful in formulating new inoculants. Search for effective strains, prior to PGP characterization, require isolation and identification of desirable species of plant growthpromoting bacteria (PGPB). The aim of this study was to isolate and identify PGPB on the basis of molecular characteristics. Bacteria of Bradyrhizobium genus were obtained from root nodules of different soybean cultivars. Bacteria belonging to genus Bacillus were isolated from different soil samples which included the rhizosphere of plants, agricultural and non-agricultural soils. All samples for PGPB isolation were collected from various parts of the Vojvodina Province. Characterization of isolates was performed according to morphological and biochemical properties. Isolates showing resemblance with Bradyrhizobium sp. and Bacillus sp. were subjected to molecular characterization. Following DNA extraction, a partial 16S rDNA gene sequence from the isolates was amplified by PCR using universal primers fD1 and rP3. Purification and sequencing of the amplified fragments were done in the Macrogen, South Korea. Sequences were analyzed using the program FinchTV and compared to sequences in NCBI GenBank for identification. All isolates of Bradyrhizobium were identified as B. japonicum. Within Bacillus isolates, nine different species (B. megaterium, B. cereus, B. pumilus, B. subtilis, B. thuringiensis, B. safensis, B. mycoides, Lysinibacillus fusiformis, and L. sphaericus) were identified. Further characterization of these isolates through PGP screening will be necessary to select potentially effective strains for inoculation assays in greenhouse and field.", publisher = "Beograd: Društvo genetičara Srbije, Beograd : Društvo selekcionera i semenara Republike Srbije", journal = "Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum društva selekcionera i semenara Republike Srbije, Vrnjačka Banja, 7-11. maj 2018.", title = "Identifikacija bakterija stimulatora biljnog rasta iz rodova Bradyrhizobium i Bacillus, Identification of plant growth-promoting bacteria from genus Bradyrhizobium and Bacillus", pages = "162-161", url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_fiver_2531" }
Marinković, J., Bjelić, D., Mikić, S., Balešević-Tubić, S., Ignjatov, M.,& Nikolić, Z.. (2018). Identifikacija bakterija stimulatora biljnog rasta iz rodova Bradyrhizobium i Bacillus. in Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum društva selekcionera i semenara Republike Srbije, Vrnjačka Banja, 7-11. maj 2018. Beograd: Društvo genetičara Srbije., 161-162. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_fiver_2531
Marinković J, Bjelić D, Mikić S, Balešević-Tubić S, Ignjatov M, Nikolić Z. Identifikacija bakterija stimulatora biljnog rasta iz rodova Bradyrhizobium i Bacillus. in Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum društva selekcionera i semenara Republike Srbije, Vrnjačka Banja, 7-11. maj 2018.. 2018;:161-162. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_fiver_2531 .
Marinković, Jelena, Bjelić, Dragana, Mikić, Sanja, Balešević-Tubić, Svetlana, Ignjatov, Maja, Nikolić, Zorica, "Identifikacija bakterija stimulatora biljnog rasta iz rodova Bradyrhizobium i Bacillus" in Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum društva selekcionera i semenara Republike Srbije, Vrnjačka Banja, 7-11. maj 2018. (2018):161-162, https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_fiver_2531 .