Polimorfnost SSR markera u hibridima kukuruza
Polymorphism of SSR markers in maize hybrids
Аутори
Mikić, SanjaBrbaklić, Ljiljana
Kondić-Špika, Ankica
Stanisavljević, Dušan
Trkulja, Dragana
Bekavac, Goran
Mitrović, Bojan
Конференцијски прилог (Објављена верзија)
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
Genetička divergentnost 97 savremenih hibrida kukuruza, koji se gaje u Srbiji u poslednjih nekoliko godina, procenjena je pomoću 12 jednostavnih ponavljajućih sekvenci ili SSR (eng. Simple Sequence Repeats) markera. Ukupno je utvrđeno 94 alela, sa prosečno 7,8 alela po lokusu, u rasponu od 5 do 17 alela. Više od 50% su bili retki aleli sa frekvencijom manjom od 5%. PIC (eng. Polymorphism Information Content) vrednosti kretale su se od 0,42, za umc1792, do 0,81, za dupssr10, sa prosekom od 0,64. Ritlandove vrednosti srodnosti varirale su od 0,787 do -0,129. Minimalan broj markera dovoljan da se utvrdi razlika između hibrida sa jedinstvenim genotipom bio je osam. Analiza glavnih koordinata razdvojila je ranostasnu i kasnostanu grupu hibrida kukuruza, iako stepen diferencijacije između grupa nije bio velik (Fst = 0,4%). Tri markera, bnlg1556, umc1075 i dupssr10, najviše su doprineli razdvajanju ranih i kasnih genotipova, pri čemu je razdvajanje za prva dva markera bilo statistički značajn...o.
The aim of this study was to assess genetic diversity among 97 modern maize hybrids that represent maize varieties grown in Serbia during the last several years. To this end, 12 simple sequence repeat (SSR) markers were used for fingerprinting. In total, 94 alleles were detected, with the average number of 7.8 alleles per locus, ranging from 5 to 17. More than 50% were rare alleles with frequency less than 5%. The polymorphic information content ranged from 0.42, for umc1792, to 0.81, for dupssr10, with an average of 0.64. Pairwise relatedness Ritland‟s values varied from 0.787 to -0.129. The minimum number of markers sufficient to differentiate hybrids with unique genotypes was eight. A principal coordinate analysis distinguished early and late maturing groups of hybrids, although the observed differentiation between groups was rather low (Fst = 0.4%). Three markers, namely bnlg1556, umc1075 and dupssr10, contributed most to the discrimination between early and late genotypes, the fir...st two significantly.
Кључне речи:
diverzitet / mikrosateliti / fingerprinting / Zea mays L. / diversity / microsatellites / kukuruz / maize / hybrids / hibridi / SSR markers / markeriИзвор:
Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum Društva selekcionera i semenara R. Srbije, 07-11.05.2018, Vrnjačka Banja, 2018, 172-173Издавач:
- Beograd : Društvo genetičara Srbije
- Beograd : Društvo selekcionera i semenara Republike Srbije
Финансирање / пројекти:
- Унапређење производње кукуруза и сирка у условима стреса (RS-MESTD-Technological Development (TD or TR)-31073)
Колекције
Институција/група
FiVeRTY - CONF AU - Mikić, Sanja AU - Brbaklić, Ljiljana AU - Kondić-Špika, Ankica AU - Stanisavljević, Dušan AU - Trkulja, Dragana AU - Bekavac, Goran AU - Mitrović, Bojan PY - 2018 UR - http://fiver.ifvcns.rs/handle/123456789/2269 AB - Genetička divergentnost 97 savremenih hibrida kukuruza, koji se gaje u Srbiji u poslednjih nekoliko godina, procenjena je pomoću 12 jednostavnih ponavljajućih sekvenci ili SSR (eng. Simple Sequence Repeats) markera. Ukupno je utvrđeno 94 alela, sa prosečno 7,8 alela po lokusu, u rasponu od 5 do 17 alela. Više od 50% su bili retki aleli sa frekvencijom manjom od 5%. PIC (eng. Polymorphism Information Content) vrednosti kretale su se od 0,42, za umc1792, do 0,81, za dupssr10, sa prosekom od 0,64. Ritlandove vrednosti srodnosti varirale su od 0,787 do -0,129. Minimalan broj markera dovoljan da se utvrdi razlika između hibrida sa jedinstvenim genotipom bio je osam. Analiza glavnih koordinata razdvojila je ranostasnu i kasnostanu grupu hibrida kukuruza, iako stepen diferencijacije između grupa nije bio velik (Fst = 0,4%). Tri markera, bnlg1556, umc1075 i dupssr10, najviše su doprineli razdvajanju ranih i kasnih genotipova, pri čemu je razdvajanje za prva dva markera bilo statistički značajno. AB - The aim of this study was to assess genetic diversity among 97 modern maize hybrids that represent maize varieties grown in Serbia during the last several years. To this end, 12 simple sequence repeat (SSR) markers were used for fingerprinting. In total, 94 alleles were detected, with the average number of 7.8 alleles per locus, ranging from 5 to 17. More than 50% were rare alleles with frequency less than 5%. The polymorphic information content ranged from 0.42, for umc1792, to 0.81, for dupssr10, with an average of 0.64. Pairwise relatedness Ritland‟s values varied from 0.787 to -0.129. The minimum number of markers sufficient to differentiate hybrids with unique genotypes was eight. A principal coordinate analysis distinguished early and late maturing groups of hybrids, although the observed differentiation between groups was rather low (Fst = 0.4%). Three markers, namely bnlg1556, umc1075 and dupssr10, contributed most to the discrimination between early and late genotypes, the first two significantly. PB - Beograd : Društvo genetičara Srbije PB - Beograd : Društvo selekcionera i semenara Republike Srbije C3 - Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum Društva selekcionera i semenara R. Srbije, 07-11.05.2018, Vrnjačka Banja T1 - Polimorfnost SSR markera u hibridima kukuruza T1 - Polymorphism of SSR markers in maize hybrids EP - 173 SP - 172 UR - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_fiver_2269 ER -
@conference{ author = "Mikić, Sanja and Brbaklić, Ljiljana and Kondić-Špika, Ankica and Stanisavljević, Dušan and Trkulja, Dragana and Bekavac, Goran and Mitrović, Bojan", year = "2018", abstract = "Genetička divergentnost 97 savremenih hibrida kukuruza, koji se gaje u Srbiji u poslednjih nekoliko godina, procenjena je pomoću 12 jednostavnih ponavljajućih sekvenci ili SSR (eng. Simple Sequence Repeats) markera. Ukupno je utvrđeno 94 alela, sa prosečno 7,8 alela po lokusu, u rasponu od 5 do 17 alela. Više od 50% su bili retki aleli sa frekvencijom manjom od 5%. PIC (eng. Polymorphism Information Content) vrednosti kretale su se od 0,42, za umc1792, do 0,81, za dupssr10, sa prosekom od 0,64. Ritlandove vrednosti srodnosti varirale su od 0,787 do -0,129. Minimalan broj markera dovoljan da se utvrdi razlika između hibrida sa jedinstvenim genotipom bio je osam. Analiza glavnih koordinata razdvojila je ranostasnu i kasnostanu grupu hibrida kukuruza, iako stepen diferencijacije između grupa nije bio velik (Fst = 0,4%). Tri markera, bnlg1556, umc1075 i dupssr10, najviše su doprineli razdvajanju ranih i kasnih genotipova, pri čemu je razdvajanje za prva dva markera bilo statistički značajno., The aim of this study was to assess genetic diversity among 97 modern maize hybrids that represent maize varieties grown in Serbia during the last several years. To this end, 12 simple sequence repeat (SSR) markers were used for fingerprinting. In total, 94 alleles were detected, with the average number of 7.8 alleles per locus, ranging from 5 to 17. More than 50% were rare alleles with frequency less than 5%. The polymorphic information content ranged from 0.42, for umc1792, to 0.81, for dupssr10, with an average of 0.64. Pairwise relatedness Ritland‟s values varied from 0.787 to -0.129. The minimum number of markers sufficient to differentiate hybrids with unique genotypes was eight. A principal coordinate analysis distinguished early and late maturing groups of hybrids, although the observed differentiation between groups was rather low (Fst = 0.4%). Three markers, namely bnlg1556, umc1075 and dupssr10, contributed most to the discrimination between early and late genotypes, the first two significantly.", publisher = "Beograd : Društvo genetičara Srbije, Beograd : Društvo selekcionera i semenara Republike Srbije", journal = "Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum Društva selekcionera i semenara R. Srbije, 07-11.05.2018, Vrnjačka Banja", title = "Polimorfnost SSR markera u hibridima kukuruza, Polymorphism of SSR markers in maize hybrids", pages = "173-172", url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_fiver_2269" }
Mikić, S., Brbaklić, L., Kondić-Špika, A., Stanisavljević, D., Trkulja, D., Bekavac, G.,& Mitrović, B.. (2018). Polimorfnost SSR markera u hibridima kukuruza. in Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum Društva selekcionera i semenara R. Srbije, 07-11.05.2018, Vrnjačka Banja Beograd : Društvo genetičara Srbije., 172-173. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_fiver_2269
Mikić S, Brbaklić L, Kondić-Špika A, Stanisavljević D, Trkulja D, Bekavac G, Mitrović B. Polimorfnost SSR markera u hibridima kukuruza. in Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum Društva selekcionera i semenara R. Srbije, 07-11.05.2018, Vrnjačka Banja. 2018;:172-173. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_fiver_2269 .
Mikić, Sanja, Brbaklić, Ljiljana, Kondić-Špika, Ankica, Stanisavljević, Dušan, Trkulja, Dragana, Bekavac, Goran, Mitrović, Bojan, "Polimorfnost SSR markera u hibridima kukuruza" in Zbornik apstrakata, 6. Simpozijum Sekcije za oplemenjivanje organizama Društva genetičara Srbije i 9. Simpozijum Društva selekcionera i semenara R. Srbije, 07-11.05.2018, Vrnjačka Banja (2018):172-173, https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_fiver_2269 .