Molecular evaluation of genetic variability in tomato (Lycopersicon esculentum mill.) genotypes by microsatellite markers

Abstract

The objective of this research was to assess genetic diversity using eight microsatellite markers in 30 tomato genotypes from the collection of the Institute of Field and Vegetable Crops in Novi Sad. The SSR markers were selected from publicly available data and Solanaceae Genome Network database. Genotypes were grouped into three clusters, using Ward's hierarchical clustering method and Euclidean distance measure. Markers SSR248, TMS9, TMS42 and SSR111 had very high PIC (Polymorphism information content) values and can be recommended for the future studies.

Paradajz (Lycopersicon esculentum Mill.) je jedna od povrtarskih vrsta najviše izučavanih na polju oplemenjivanja, genetike i genomike i jedna od 3000 iz familije Solanaceae (pomoćnice). Veličina genoma paradajza iznosi 950 Mbp, a sadrži 77% heterohromatina i 23% euhromatina (Peterson, Price, Johnston i Stack 1996). Iako je diverzitet njegovih prirodnih staništa veoma velik, znatan deo genetičke varijabilnosti paradajza je izgubljen u procesu domestifikacije i intenzivne veštačke selekcije. Cilj ovog istraživanja je procena genetičkog diverziteta 30 genotipova paradajza iz kolekcije Instituta za ratarstvo i povrtarstvo u Novom Sadu korišćenjem 8 mikrosatelitskih markera. SSR markeri su izabrani na osnovu objavljene naučne literature i Solanaceae Genome Network baze podataka. Markeri SSR 248, TMS 9, TMS 42 i SSR 111, kod kojih je utvrđena visoka PIC vrednost, mogu se preporučiti za buduća istraživanja.